PHP直接输出html的，可以采用以下的方法进行过滤：

1.htmlspecialchars函数

2.htmlentities函数

3.HTMLPurifier.auto.php插件

4.RemoveXss函数

PHP输出到JS代码中，或者开发Json API的，则需要前端在JS中进行过滤：

1.尽量使用innerText(IE)和textContent(Firefox),也就是jQuery的text()来输出文本内容

2.必须要用innerHTML等等函数，则需要做类似php的htmlspecialchars的过滤（参照@eechen的答案）

其它的通用的补充性防御手段

1.在输出html时，加上Content Security Policy的Http Header

（作用：可以防止页面被XSS攻击时，嵌入第三方的脚本文件等）

（缺陷：IE或低版本的浏览器可能不支持）

2.在设置Cookie时，加上HttpOnly参数

（作用：可以防止页面被XSS攻击时，Cookie信息被盗取，可兼容至IE6）

（缺陷：网站本身的JS代码也无法操作Cookie，而且作用有限，只能保证Cookie的安全）

3.在开发API时，检验请求的Referer参数

（作用：可以在一定程度上防止CSRF攻击）

（缺陷：IE或低版本的浏览器中，Referer参数可以被伪造）